El avance de las tropas francesas al interior del territorio nacional, a partir de 1863, ocasionó la salida del gobierno republicano de la capital mexicana. Entonces daría inicio una etapa errante del gobierno juarista que sólo culminaría al triunfar sobre el ejército de Maximiliano en Querétaro.
Presidente Benito Juárez
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El gobierno itinerante de Benito Juárez
Después de que los franceses tomaron la ciudad de Puebla, en 1863, el presidente decidió evacuar la capital de la república con el gobierno entero. A fines de mayo, encabezando la caravana republicana, Juárez salió con destino incierto hacia el norte. El 9 de junio la caravana entró a San Luis Potosí y ahí se estableció el gobierno.
Por el mes de noviembre el mariscal Bazaine avanzó a Querétaro y enfiló a Guanajuato. Cuando un ejército al mando del conservador Tomás Mejía se acercaba a San Luis Potosí, Juárez huyó hacia el norte, estuvo unos días en Matehuala y comenzando el año de 1864 se dirigió a Saltillo.
De Saltillo pasó a Monterrey el 3 de abril, después de expulsar de Nuevo León a Santiago Vidaurri, cacique que estaba en tratos con las autoridades imperiales. Para el mes de agosto, acosado nuevamente por las tropas francesas, el presidente resolvió partir hacia el noroeste. Ante la imposibilidad de permanecer en Durango, Juárez y los pocos miembros del gobierno que aún le seguían llegaron a Chihuahua el 12 de octubre de 1864.
Sin un ejército fuerte capaz de contener el avance de los franceses, el gobierno republicano abandonó Chihuahua el 5 de agosto de 1865 con rumbo a Paso del Norte -hoy Ciudad Juárez-, entonces un pueblo de pastores y vaqueros. El gobierno permaneció en ese pueblo fronterizo hasta junio de 1866, cuando los franceses, ya en retirada, dejaron libre Chihuahua. En unos meses más los republicanos estarían en posición de regresar hacia el sur.
La oposición armada
Con excepción del triunfo en la batalla de Puebla, en 1862, bien poco fue lo que el ejército republicano pudo hacer en los primeros años de la ocupación francesa. Hacia la segunda mitad de 1864 los invasores avanzaron hacia el norte tras los pasos de Juárez. En julio, un ejército francomexicano tomó la ciudad de Durango y en agosto había llegado a Ciudad Victoria, en Tamaulipas.
Prácticamente las tropas republicanas fueron desbaratadas en la batalla de Majoma, cerca de Durango. A principios de 1865, Porfirio Díaz, con el Ejército de Oriente, se rindió en Oaxaca. Estos dos hechos marcaron el apogeo del dominio imperialista en México.
La situación cambió a partir de junio de 1866 cuando, próximos a reembarcarse a Europa, los franceses se fueron replegando hacia el centro de México dejando libres los estados de Nuevo León y Tamaulipas. Los republicanos recuperaron el control de Matamoros, Monterrey y Saltillo, con lo que Juárez regresó a Chihuahua.
Actividad del gobierno juarista
El gobierno de Juárez carecía de recursos, durante un tiempo se sostuvo gracias a la aportación mensual que hacían los confederados del sur de Estados Unidos a cambio de que su algodón entrara a México, por Piedras Negras, y se embarcara a Europa en Matamoros.
Juárez esperaba que al finalizar la guerra civil estadounidense el gobierno de Washington le diera su apoyo. Para ello nunca faltaron comisionados mexicanos en Washington y Nueva York. Entre ellos destacaba el oaxaqueño Matías Romero, quien solicitaba préstamos y ayuda militar que, para fortuna de México -por los compromisos que implicaban-, nunca llegaron a cristalizar.
En noviembre de 1865, todavía en Paso del Norte, Juárez expidió un decreto por el que se extendían sus funciones como presidente de la república hasta que se dieran las condiciones para realizar elecciones. Esto fue un golpe a la legalidad, ya que el cargo debía ser ocupado por el presidente de la Suprema Corte de Justicia, puesto que detentaba Jesús González Ortega.
El triunfo de la República sobre el imperio
Tras el retiro de las fuerzas francesas el imperio quedó en una posición de debilidad. Maximiliano decidió concentrar el grueso de su ejército en Querétaro. Las tropas de Escobedo, junto con las de Corona, se dirigieron a esa ciudad y establecieron el sitio a partir del 6 de marzo de 1867. El acoso duró setenta y dos días hasta que se tomó la plaza.
Mientras, Porfirio Díaz, que había conseguido ocupar Oaxaca, se dirigió hacia Puebla y tomó la ciudad el dos de abril. En su marcha a la ciudad de México derrotó a las fuerzas del general Márquez. Finalmente entró a la ciudad de México y procedió a esperar la llegada de Juárez.
El 15 de julio de 1867 se realizó la recepción al presidente en la ciudad de México, más tarde se convocó a elecciones y antes de fin de año resultó electo Benito Juárez para un nuevo periodo constitucional.